Każdego roku ks. Zbigniew Kowalczyk, misjonarz z Brazylii, odwiedza Fundację Jana Pawła II, aby podzielić się swoją niełatwą pracą w Amazonii. Od wielu lat jest zaangażowany w pomoc biednym indianom żyjącym w dżunglii niedaleko Manaus. Otacza także, opieką duszpasterską dom sióstr zakonnych ze wspólnoty Agape da Cruz, które zajmują się dziećmi, szczególnie ofiarami nadużyć seksualnych w rodzinach. Jak wspomina ks. Zbigniew jest to ogromny problem w Amazonii. Wśród ubogiej młodzieży ks. Kowalczyk dostrzega wielki potencjał wiary oraz przyszłe powołania. Dlatego podczas każdego pobytu w Fundacji prosi o modlitwę, jak też o obrazki ze świętym Janem Pawłem II. Podczas jego ostatniej wizyty Fundacja JPII przekazała na misje 500 obrazków z relikwiami św. Jana Pawła II w języku portugalskim oraz inne upominki dla młodzieży. W czasie ostatnich rekolekcji młodzież z Manaus ze wspólnoty Alianca de Misericordia modliła się za wszystkich członków Fundacji Jana Pawła II. Patronował im św. Jan Paweł II.
