Zgodnie z zapisami statutowymi władzę zwierzchnią nad Fundacją Jana Pawła II sprawuje każdorazowy Arcybiskup Metropolita Krakowski, obecnie jest nim abp. ks. Marek Jędraszewski. Przewodniczącym Rady Administracyjnej jest ks. Stanisław kard. Ryłko.
Głównym ośrodkiem Fundacji jest Sekretariat Administracyjny, którym kieruje o. dr Krzysztof Wieliczko OSPPE. Sekretariat administracyjny przedstawia cele i promuje obecność Fundacji w różnych środowiskach na świecie.
Sekretariat wspiera instytucje działające w ramach Fundacji:
– Ośrodek Dokumentacji i Studium Pontyfikatu Jana Pawła II – ks. dr Andrzej Dobrzyński.
– Dom Polski w Rzymie – ks. prał. Mieczysław Niepsuj
– Dom Fundacji Jana Pawła II w Lublinie – ks. Jan Strzałka SCJ
Funkcjonowanie Fundacji jest możliwe dzięki hojności dobroczyńców z całego świata. Wielu z nich jest członkami Kół i Towarzystw Przyjaciół Fundacji. Aktualnie 48 Kół i Towarzystw istnieje w 18 krajach na pięciu kontynentach.
