Zgodnie z zapisami statutowymi władzę zwierzchnią nad Fundacją Jana Pawła II sprawuje każdorazowy Arcybiskup Metropolita Krakowski – obecnie ks. abp. Marek Jędraszewski. Przewodniczącym Rady Administracyjnej jest ks. prał. dr Paweł Ptasznik.
Centrum administracyjnym Fundacji jest Sekretariat, którym kieruje ks. prał. dr Dariusz Giers, administrator Fundacji. Sekretariat czuwa nad finansami Fundacji, składa odpowiednie raporty do watykańskiego Sekretariatu Ekonomicznego, wspiera działalność Kół i Towarzystw Przyjaciół Fundacji Jana Pawła II oraz promuje jej obecność w różnych środowiskach na świecie.
Sekretariat pozyskuje i asygnuje konieczne środki finansowe dla zapewnienia działalności trzem podstawowym instytucjom Fundacji, którymi są:
- Ośrodek Dokumentacji i Studium Pontyfikatu Jana Pawła II, kierowany przez ks. dr hab. Andrzeja Dobrzyńskiego
- Dom Polski Jana Pawła II w Rzymie, kierowany przez ks.Mateusza Wójcika
- Dom Fundacji Jana Pawła II w Lublinie, kierowany przez ks. Jana Strzałkę SCJ
Funkcjonowanie Fundacji jest możliwe JEDYNIE dzięki hojności dobroczyńców z całego świata. Większość z nich należy do Kół i Towarzystw Przyjaciół Fundacji, których aktualnie mamy 47 w 18 krajach, na pięciu kontynentach!
