Watykańska Fundacja Jana Pawła II została ustanowiona dekretem papieża Jana Pawła II 16 X 1981 r. Jest to organizacja kościelna, no profit, która stawia sobie za cel popieranie i realizację inicjatyw o charakterze edukacyjnym, naukowym, kulturalnym, religijnym i charytatywnym, związanych z pontyfikatem Ojca Świętego Jana Pawła II. Oficjalna siedziba Fundacji mieści się w Watykanie. Głównymi celami Fundacji są:
- zachowanie i rozwój duchowego dziedzictwa Jana Pawła II i kultury chrześcijańskiej;
- pomoc edukacyjna i stypendialna dla młodzieży z krajów dawnych republik Związku Radzieckiego oraz Europy Wschodniej (nie należących do Unii Europejskiej) studiującej na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim i Uniwersytecie Papieskim Jana Pawła II w Krakowie.
- dokumentacja i studium pontyfikatu oraz upowszechnianie nauczania Jana Pawła II;
- opieka nad pielgrzymami w Rzymie – zwłaszcza z Polski i Europy Wschodniej;
Działalność Fundacji obejmuje m.in.:
Program stypendialny dla młodzieży z krajów dawnych republik Związku Radzieckiego oraz Europy Wschodniej (nie należących do Unii Europejskiej). Fundacja Jana Pawła II poprzez pomoc stypendialną dla studentów Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego i Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie bierze udział w kształceniu przyszłych elit intelektualnych. W 2018 roku 166 studentów z 10 krajów otrzymało stypendia. Dom Fundacji Jana Pawła II w Lublinie w którym są zakwaterowani stypendyści – studenci Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. Dotychczas ponad 900 stypendystów po ukończeniu studiów powróciło do pracy w swoich krajach.
Dom Polski Jana Pawła II w Rzymie służy pielgrzymom z całego świata. Odbywają się tutaj sesje naukowe, spotkania podejmujące tematykę religijnych i kulturowych aspektów pielgrzymowania do Wiecznego Miasta. Dom jest miejscem, w którym goście doświadczają religijnego i kulturowego wymiaru swojego pielgrzymowania.
Muzeum znajdujące się w Domu Fundacji JPII obejmuje dary, które pielgrzymi ofiarowali Janowi Pawłowi II. Dotychczas zinwentaryzowano około 10 tysięcy obiektów.
Ośrodek Dokumentacji i Studium Pontyfikatu Jana Pawła II zajmuje się zabezpieczeniem dokumentów dotyczących pontyfikatu Jana Pawła II i dba o przekazanie jego dziedzictwa przyszłym pokoleniom. Zgromadzona dokumentacja stanowi bogaty materiał do prowadzenia badań naukowych, których owocem są publikacje, sympozja, wystawy a także artykuły popularyzujące myśl i dzieło Jana Pawła II. Biblioteka Ośrodka liczy około 30 tysięcy woluminów udostępnianych do badań nad nauczaniem Jana Pawła II.
Stypendia naukowe dla osób przybywających do Rzymu, by prowadzić badania związane z nauczaniem Jana Pawła II.
Dzieła prowadzone przez Fundację mogą być realizowane poprzez systematyczną pomoc duchową i finansową przyjaciół z całego świata. Fundacja Jana Pawła II otwarta jest na współpracę z organizacjami i instytucjami, które w swoich środowiskach są zaangażowane w promowanie i pogłębianie nauczania Jana Pawła II w łączności ze Stolicą Apostolską.