Secondo le disposizioni statutarie, l’autorità suprema sulla Fondazione Giovanni Paolo II è esercitata da ciascun arcivescovo metropolita di Cracovia – attualmente l’arcivescovo Marek Jędraszewski. Il Presidente del Consiglio di Amministrazione è Mons. Dott. Paweł Ptasznik.
Il centro amministrativo della Fondazione è il Segretariato, guidato da Mons. Dott. Dariusz Giers, amministratore della Fondazione. La Segreteria vigila sulle finanze della Fondazione, riferisce apposite relazioni alla Segreteria Economica Vaticana, sostiene le attività dei Circoli e delle Associazioni degli Amici della Fondazione Giovanni Paolo II e ne promuove la presenza in vari ambienti del mondo.
Il Segretariato raccoglie e assegna le risorse finanziarie necessarie per assicurare l’attività delle tre istituzioni di base che operano all’interno della Fondazione, che sono:
- Centro di Documentazione e Studio del Pontificato di Giovanni Paolo II, diretto da sac. Dott. hab. Andrzej Dobrzynski
- Casa polacca Giovanni Paolo II a Roma, presieduta da sac. Mateusz Wójcik
- Casa della Fondazione Giovanni Paolo II a Lublino, presieduta da sac. Jan Strzałka SCJ
Il funzionamento della Fondazione è possibile SOLO grazie alla generosità dei benefattori di tutto il mondo. La maggior parte di loro appartiene ai Circoli e alle Associazioni degli Amici della Fondazione, di cui attualmente ne abbiamo 47 in 18 paesi nei cinque continenti.