В соответствии с уставными положениями главенствующее руководство над Фондом Иоанна Павла II осуществляет, каждый раз выбираемый Архиепископ Митрополит Краковский, в настоящее время им является о. архиепп. Марек Ендрашевский [ks. abp. Marek Jędraszewski]. Председатель Административного Совета — о. прелат д-р Павел Пташник [ks. prał. dr. Paweł Ptasznik].
Административным центром Фонда является Секретариат, которым руководит о. прелат д-р Дариуш Герс [ks. prał. Dariusz Giers], администратор Фонда. Секретариат контролирует финансы Фонда, представляет соответствующие отчеты в Ватиканский Экономический Секретариат, поддерживает деятельность Кругов и Обществ Друзей Фонда Иоанна Павла II, и способствует его присутствию в различных средах по всему миру.
Секретариат получает и выделяет необходимые финансовые средства для обеспечения деятельности трех основных институций, действующих в рамках Фонда, а именно:
- Центр Документации и Изучения Понтификата Иоанна Павла II, которым руководит о. д-р хаб. Анджей Добжинский [ks. dr hab Andrzej Dobrzyński];
- Польский Дом Иоанна Павла II в Риме, которым руководит о. Матеуш Войчик [ks. Mateusz Wójcik];
- Дом Фонда Иоанна Павла II в Люблине, которым руководит о. Иоанн Стшалка SCJ [Ks. Jan Strzałka SCJ];
Функционирование Фонда возможно ТОЛЬКО на основании щедрости благотворителей со всего мира. Большинство из них являются членами Кругов и Обществ Друзей Фонда. В настоящее время существует 48 Кругов и Обществ в 18 странах на пяти континентах!
