Sesuai dengan ketentuan-ketentuan Statuta (Anggaran Dasar), Uskup Agung Krakow memiliki kewenangan memerintah atas Yayasan Yohanes Paulus II. Saat ini, Uskup Agung Marek Jędraszewski memegang otoritas ini. Pdt. Monsignor Paweł Ptasznik adalah ketua Dewan Administratif.
Sekretariat Pimpinan yang dipimpin oleh Pater prał. dr Dariusz Giers adalah kantor pusat Yayasan. Sekretariat Pimpinan memperkenalkan tujuan-tujuan Yayasan dan mempromosikan kehadiran Yayasan dalam pelbagai situasi.
Sekretariat mendukung lembaga-lembaga yang beroperasi dalam lingkup Yayasan, yakni:
- Pusat Dokumentasi dan Riset Pontifikat Yohanes Paulus II – Pater Andrzej Dobrzyński.
- Rumah Polandia di Roma – Pater Mateusz Wójcik.
- Rumah Yayasan Yohanes Paulus II di Lublin – Pater Jan Strzałka SCJ.
Kegiatan-kegiatan Yayasan dimungkinkan berkat kemurahan hati para dermawan dari seluruh dunia. Banyak dermawan adalah anggota-anggota Distrik-Distrik dan kelompok-kelompok para Kerabat Yayasan. Sekarang ini ada 48 Distrik serta kelompok-kelompok Para Kerabat Yayasan di 18 negara di lima benua.
